луб основан в 1907 году[1], начал играть в чемпионатах СССР в 1960 году, до 1978 года выступал в классе «Б» чемпионата СССР. До распада СССР играл во второй лиге.
При формировании нового чемпионата России получил возможность выступать в первом дивизионе, где на второй сезон стал победителем Западной зоны, но не смог в переходном турнире войти в тройку. В 1994 году снова стал победителем дивизиона уже по новому регламенту, без разделения на зоны и получил право играть в элите российского футбола.
«Черноморец» выступал в Высшей лиге до 2001 года. Самое высокое место, которое удалось завоевать — шестое, в 1997 и 2000, это позволило клубу выступить в Кубке УЕФА сезона 2001-02. Однако в первом же раунде Черноморец был выбит испанской «Валенсией», результаты матчей 0:1, 0:5. Кроме этого, в первенстве клуб также постигла неудача и сезон он закончил на последнем месте.
В 2002 году «Черноморец» снова выигрывает чемпионат первого дивизиона, а на следующий год опять не находит в себе сил, чтобы закрепиться в высшей лиге, зато по ходу сезона доходит до финала Кубка РФПЛ, единственный розыгрыш которого прошёл в том году. В 2005 году клуб лишился лицензии. Переименованный в ФК «Новороссийск», клуб выступает в любительской лиге и выиграв соревнования зоны Юг вновь получает право выступать во втором дивизионе. В 2007 году «Черноморец» занял первое место в зоне «Юг» второго дивизиона и продвинулся в Первый Дивизион.
